בית הספר בנוי על אמון במחנכים ובאחריותם כלפי הילדים, ההורים והחברה. בבי"ס ולדורף אין מנהל, והחלטות והכרעות נעשות במשותף ע"י כל צוות בית הספר.
מחנך הכיתה מלווה אותה בדרך כלל מכיתה א' עד ח', דבר המאפשר לו להכיר כל אחד מהילדים היכרות עמוקה, לעקוב אחר התפתחותו של כל ילד וילד ולאתר בעיות המתפתחות או עלולות להתפתח בו.
בכיתות הראשונות עוברים הילדים את רוב שעות הלימודים עם מחנך הכתה. החל מכיתות ד'-ה' קטן בהדרגה חלקו של המחנך ושעורים רבים יותר ניתנים ע"י מורים מקצועיים (מתימטיקה, ביולוגיה, מוסיקה, שפות וכו'). בכיתות הגבוהות של ביה"ס היסודי רב יותר חלקם של המורים המקצועיים, והמחנך מעביר למעשה בעיקר את "השעור הראשי", המהווה בכיתות היסוד מסגרת כוללת להוראת הכתיבה והקריאה, החשבון ורישום הצורות.
לימוד הכתיבה והקריאה, כמו כל נושאי הלימוד, מתחיל לחלוטין מן הגישה האמנותית. תחילה מגיעים לכתיבה, כאשר מתחילים בציור ורישום צורות, המקבלות לאט לאט את צורת האותיות. בהדרגה עוברים לכתיבה ממש, ורק אז באה הקריאה, כאשר בכיתות הראשונות זוהי בעיקרה קריאת סיפורים, והרבה פחות קריאה של חומר דידאקטי.
במקביל לנושאים אלה נלמד ב"שעור הראשי" נושא תקופתי. עם התרחבות תכנית הלימודים משנה לשנה, מיועדת יחידת לימוד זו במשך שבועות אחדים לנושאים כמו גיאוגרפיה, בוטניקה, פיסיקה היסטוריה ועוד. יחידת לימוד זו, שאורכה כשעה וחצי, מקנה משקל מיוחד ליום הלימודים.
בחינוך ולדורף אין ספרי לימוד והחומר מוגש על ידי מחנך הכיתה בע"פ. הבאת הדברים כסיפור חי, כחוויה ישירה, טובה יותר מבחינה דידקטית. דברי המורה מוצאים את דרכם, דרך הסיכום המשותף, אל המחברת התקופתית הגדולה. המחברות מתמלאות ציורים והמחשות של החומר הנלמד והופכות לנכס יקר עבור הילדים.
יום הלימודים מורכב משלש חטיבות עיקריות הנבדלות זו מזו באופיין. בהמשך ל"שעור הראשי" הפונה קודם כל לתחום ההתבוננות והמהווה את החטיבה הראשונה, מוקדשות השעות הבאות למקצועות הדורשים תרגול חוזר ונשנה. החטיבה השניה מורכבת משתי השפות הזרות, נגינה בחלילית, אוריתמיה ומתמטיקה (תרגילי המתמטיקה בשעורי התרגול מהווים חזרה על החומר שנלמד ב"תקופת" המתמטיקה). אורכם של שעורים אלה הוא 40 דקות.
החטיבה השלישית כוללת את המלאכות, מלאכת מחשבת ושעורי התעמלות (משחקים בכיתות א – ג). בכיתות בית הספר היסודי כוללים שעורים אלה תפירה, סריגה, רקמה, טוויה, אריגה ועוד. בכיתות הגבוהות יותר נלמדים גם מקצועות אלה בלימוד תקופתי, ונוספים אליהם גילוף בעץ, פיסול באבן, בטיק וכריכת ספרים.
הרצף של שלשת המרכיבים – העיוני לשעות הבוקר, התרגול לפני הצהריים והמעשי-יצירתי לשעות הצהריים – מפעיל יום יום את מכלול הכישורים הגלומים בילדים באופן מאוזן והרמוני.
בבי"ס ולדורף לומדים בדרך כלל שתי שפות זרות כבר מכתה א'. השפות הזרות הנלמדות בארץ הן אנגלית וערבית. בכיתות הנמוכות לומדים הילדים את השפה הזרה בצורה פונטית בלבד, תוך דקלומים ושירים, כאשר הבנתה המעשית של השפה הזרה נלמדת בכיתות הגבוהות יותר, לאחר שהיא שגורה כבר למעשה באופן מילולי אצל הילדים.
בבי"ס ולדורף אין מבחנים, והערכת התלמידים נעשית ע"י מורה הכתה עפ"י התבוננותו בילד ובהתקדמותו. פעם בשבוע מתכנס כל צוות ביה"ס ודן בבעיות כלליות ופרטניות, כאשר חלק מהזמן מוקדש לדיון בתלמידים ספציפיים. הדיון מתבצע ע"י כל הצוות, גם אלה שאינם בקשר ישיר עם התלמיד בו דנים. דבר זה מאפשר ראיה רחבה ומאוזנת של הבעיות המתעוררות, כאשר הצוות כולו חש אחריות
משותפת לכל ילד וילד. יחד עם זאת, עבור תלמידים הרואים את המשך דרכם בלימוד אקדמאי, קיים מסלול בבי"ס תיכון בו נערכים גם מבחנים, המכינים את הנערים לקראת בחינות הבגרות והלימודים האקדמאים.
אחד המרכיבים החשובים בתפקוד בביה"ס הוא הקשר עם ההורים. ההורים מקבלים עידוד לגלות מעורבות בנעשה בביה"ס, ולרוב משתתפים מספר הורים בצוות ההיגוי של ביה"ס. ביה"ס משתדל להיות חלק אינטגרלי מהסביבה החברתית, תוך תרומה לקהילה מעבר לחיים החינוכיים היומיומיים.