בית ספר מקדם בריאות מתמקד בנושא הבריאות כתחום העשרה ראשי. המשמעות היא מתן תשומת לב לאיכות החיים של התלמידים בתחום הפיזי והנפשי. בית הספר היסודי בן גוריון בגן יבנה הוכר על ידי משרדי הבריאות והחינוך כבית ספר מקדם בריאות. את תוכנית הלימודים בתחום הבריאות בנתה רכזת המדעים, רות יצחק. יצחק שיתפה בעבודה את מנהלת בית הספר, היועצת – המלמדת כישורי חיים, רכזת הספורט, האחראית על הבטיחות ושתי תלמידות החברות בוועדת נאמני הבטיחות. התוכנית נבנתה כך שתתאים לחזון בית הספר ולתפיסה החינוכית שלו, הדוגלת בשמירה על איכות הסביבה.
התוכנית עוסקת בנושאים כמו; בריאות הפה והשיניים, בריאות החושים, צמחים בשירות הבריאות, בריאות מערכת התנועה, בריאות מערכת הנשימה, כללים ליציבה נכונה, שמירה על בריאות בחורף, תזונה נכונה, צרכנות נבונה, בריאות מערכת העיכול, דרכי התמודדות עם לחצים חברתיים, מאפיינים פיזיולוגיים של גיל ההתבגרות,שמירה על היגיינה אישית ודימוי עצמי.
בבית הספר קיימות תוכניות ייחודיות נוספות שעוסקות או נוגעות לתחום בריאות:
1. תוכנית בטיחות – התוכנית עוסקת בקשר שבין בטיחות ובריאות הגוף, התנהגות בטוחה בחגים ובהתאם לעונות השנה – בקיץ, למשל – הגנה מפני השמש.
2. תוכנית בחקלאות – צמחים בשירות הבריאות, צמחי תבלין ומרפא.
3. תוכנית באומנות – ציור וקישוט בית הספר במוטיבים וכתוביות.
4.שבוע בריאות – במהלכו מוזמנים לבית הספר מרצים מקהילת ההורים ומרצים מבחוץ בשלל תחומים הקשורים לבריאות.
5."תפור עלי" – תוכנית לעידוד התלמידים לאכול ארוחת בוקר בריאה. בית הספר גם משתתף בתוכנית למניעת השמנה בקרב ילדים.