עמותות, ארגונים וגופים שונים, שמיועדים לילדים עם צרכים מיוחדים, מפעילים במהלך הקיץ קייטנות ונופשונים לתלמידים. רוב הפעילויות מסובסדות על ידי העמותות וההורים תורמים סכום סמלי. בין הארגונים אלו"ט (לילדים אוטיסטים), צעד קדימה (לבעלי שיתוק מוחין), ית"ד (לבעלי תסמונת דאון), שק"ל (למוגבלים), אלי"ע (לעיוורים) ועוד. חלק מהארגונים מקיימים קייטנות יומיות, אחרים פנימיות ומחנות נופש. אחרים מקיימים נופשונים, שבהם משתתפים התלמידים עם המשפחות.
האגודה לסוכרת נעורים בשיתוף אגד תיור ונופש וחברת משקפיים מקיימת שלושה מחזורי קייטנה; לילדי היסודי, חטיבת הביניים והחטיבה העליונה. עלות ההשתתפות לתלמיד בקייטנה היא 900 שקלים.
אלו"ט מפעילה את אלו"טבע – בית נופש כפרי לאנשים בעלי צרכים מיוחדים. נופשון אלו"טבע ממוקם סמוך לכרמיאל במבנים חד-קומתיים המוקפים בחצר רחבה עם מתקני שעשועים. בנופשון משתתפים הילדים עם המשפחות. ארגון צעד קדימה מקיים קייטנה בצפון.
שק"ל הוא ארגון המציע שירותים קהילתיים למוגבלים בני המגזר הדתי חרדי. בקייטנה ובנופשון יש קומות נפרדות לבנים ולבנות. הבנים מצוות המדריכים מטפלים בבנים ומדריכות בבנות.
ארגון אלי"ע מציע מדי קיץ קייטנה ל-30 ילדים בגילאי 5-13 בחודש יולי. ילדים עיוורים משולבים לא אחת במסגרות רגילות, אולם רק בקייטנה מיוחדת להם ישנה התייחסות מלאה לצרכיהם בשעות הפנאי.
לבד מהעמותות הייחודיות ישנם גם ארגונים מקומיים שנתרמים למאמץ לסייע לתלמידים מיוחדים בחופשת הקיץ. כך, למשל, החברה למינהלים קהילתיים בירושלים מארגנת קייטנות שאותן היא פותחת גם בפני ילדי צמי"ד – ילדים בעלי צרכים מיוחדים. השילוב נעשה בקבוצות מתאימות ובהנחיה מיוחדת.
ויש גם מי שמטפל בנוער בסיכון ומארגן פעילויות לחופשות, כמו עמותת אתגרים. גם בתי חולים שמטפלים בילדים מיוחדים, כמו אלין בירושלים, נערכים לקיץ ומציעים שלל פעילויות, כמו מכון כושר לילדים, שבו מכשירי כושר מיוחדים לילדים מגיל 6, לפעילות מודרכת על ידי בוגרי וינגייט, חוגי ספורט כמו ג'ודו, התעמלות אתגרית, שחיה, אופניים ועוד. הפעילות מתבצעת בקבוצות קטנות עם התאמה אישית.