בשנת הלימודים תשס"ו ישולבו במערכת החינוך היסודית והעל יסודית בחיפה 1,579 תלמידים בעלי צרכים מיוחדים. לדברי מפקחת החינוך המיוחד במחוז, ד"ר מלכה מולכו, בניגוד לקיצוץ בתקציב החינוך הכללי, לא יחול השנה כמעט קיצוץ בתקציב סל השילוב בחיפה. ממחוז חיפה נמסר, כי השנה גם מצטרפים לתוכניות השילוב בתי"ס פרטיים בחיפה ובהם בי"ס הריאלי ובתי"ס מוכרים שאינם רשמיים מהמגזר הדתי והערבי. החל משנת הלימודים הנוכחית תונהג בחיפה חלוקה דיפרנציאלית של משאבי סל השילוב, על פי מספר תלמידי השילוב בכל בי"ס.